柏垭镇主要自然灾害为干旱、洪涝、大风、地震等,严重的一次洪涝发生在1983年,农作物淹没面积1000余亩,损毁镇、村道公路达5千米,房屋倒塌20余户,直接经济损失1000余万元。2008年5月12日,汶川8级大地震波及柏垭,此次地震造成8860户村民受灾,垮塌房屋520户,损毁公路12千米,损坏水利设施150余处,直接经济损失过亿元。2006年,柏垭镇因大旱,导致大春绝收,直接经济损达2300万元。2009年、2010年,柏垭镇因持续暴雨,冲毁良田达1100余亩,玉米1500余亩,房屋垮塌230余户,村道毁坏达80余千米;两年经济损失达到4000多万元。柏垭镇境内有嘉陵江支流西河段流经金华村。