妙高镇属亚热带季风气候,其特点是气候温和,雨水充沛,光照适宜,四季分明;春旱少雨,回暖不稳,常有春旱和倒春寒;夏热多雨,分布不均,时有洪涝;秋短天凉,降温迅速,多见秋霖;冬暖干燥,降雨和日照偏少;沟谷多雾,平坝多湿,山口多风,常呈霜雾相伴发生;多年平均气温16.1℃;年平均日照时数993.7小时,降雨集中在每年5—9月,8月最多。妙高镇主要自然灾害为旱灾、洪涝、大风等。严重的一次洪涝灾害发生在2011年6月20日,农作物淹没面积200余亩,损毁村道公路1.7千米,房屋倒塌10户,直接经济损失200余万元。